1、认证机构资质
认证机构的资质和认可情况在国内运作的认证机构，无论是国内还是国外机构，均需要在国家认证认可监督委员会进行备案，接受监督。
2、审核队伍的水平
比如对审核员的入职要求?行业要求如何?比如一些机构要求，审核人员超过60个专业人员，审核人员要求有5-10年的行业经验，熟悉行业和认证有关程序。现在市场很多认证机构为了控制成本，大量聘用 兼职 审核员，这样审核员的资历、专业水平、操守规范都难以控制。
3、认证机构的审核服务、声誉和品牌
由于现时管理体系发展很快，新的管理体系标准不断涌现，所以企业选择时应考虑今后需要，选择的机构应可提供多种不同体系的审核。而认证机构的声誉和品牌也相当重要，相当多的买家已经将要求“是否通过认证?”转变为“通过哪家认证机构的认证?”
4、认证机构的行业优势
每个认证机构都会有他们的优势行业，某种程度上，这一方面可以说明认证机构在这一行业的审核经验以及审核员的水平；认证机构优势行业的客户群也能反映出认证机构在这一行业的地位。
5、认证客户的总体素质
通过该机构认证的客户，在很大程度上也反映了该机构的水平和定位。一般情况下，认证机构均会公布通过其认证的客户名录。
6、是否存在违规行为
认证行业跟其他商业操作有较大的差别。认证有相当多的要求和准则，而这些大多是原则性问题。是不能基于商业或市场的考虑来降低或改变要求。如在ISO9000审核中有明确规定，按照企业的规模来确定审核人天数，这是不能随意增加或减少的。但有些认证机构，为了更有成本优势，把要求进行10人天的审核减少至两三个人天，这是严重违反认证规则的。
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